Ngày 19 tháng 9 năm 2006, trước nhiều nhà lãnh đạo từ các quốc gia trên thế giới quy tụ về trụ sở LHQ ở New York, Annan đọc diễn văn từ biệt chuẩn bị cho ngày chấm dứt nhiệm kỳ thứ hai của ông vào 31 tháng 12 năm 2006, trong đó ông nhắc đến ba vấn nạn lớn của thế giới, "nền kinh tế không công bằng, tình trạng hỗn loạn, và sự phát triển khuynh hướng xem thường nhân quyền và thể chế pháp trị", những vấn đề mà ông tin là "không những không được giải quyết mà ngày càng tồi tệ hơn" suốt trong thời gian ông đảm nhiệm chức vụ Tổng Thư ký LHQ. Ông xem tình hình bạo loạn tại châu Phi và sự đối đầu giữa Israel và khối Ả Rập là những vấn đề cần quan tâm.

Ngày 11 tháng 12 năm 2006, trong bài diễn văn cuối cùng trong cương vị Tổng Thư ký LHQ đọc tại Thư viện Tổng thống Harry S. Truman tại Independence, Missouri, Annan nhắc đến vai trò lãnh đạo của Truman trong tiến trình thành lập LHQ. Annan kêu gọi Hoa Kỳ trở về với chính sách ngoại giao đa phương của Tổng thống Truman và đi theo cương lĩnh của Truman: "trách nhiệm của các cường quốc là phục vụ chứ không phải thống trị các dân tộc khác trên thế giới", rõ ràng là nhắm vào chính sách đơn phương của chính phủ George W. Bush. Ông cũng nói rằng Hoa Kỳ cần duy trì những cam kết của mình đối với nhân quyền, "ngay cả trong cuộc chiến chống khủng bố".

Ông là hội viên danh dự của Câu lạc bộ Madrid. Năm 2007, ông được trao Giải Bruno Kreisky.